《口袋妖怪：绿宝石》的剧情流程如下：
开始与选择
游戏开始时，玩家可以选择男或女主角，这将决定你的对手是同性还是异性。
主角的名字可以自由设定。
初入芳园地区
玩家首先出现在天元镇的一辆小货车里，下车后妈妈会让你上楼调整时钟。
调整好时钟后，妈妈告诉你博士就在隔壁，让你去找他。
在博士的房间里，你会遇到一个精灵球，调查后你的对手会出现并进行对话。
离开房子后，博士正被一只针鼠追赶，你需要在背包里选择一只PM参加战斗，赶跑针鼠。
博士会把你选的精灵送给你，并让你去103号道路找他的孩子，也就是你的对手。
探索与战斗
穿过101号道路来到道吉镇，在右边的屋子里有个大婶会送你伤药。
